В истории Диагностического центра было три профсоюзные организации. Первая создана в 1993 году (председатель профкома Смирнов Константин Владимирович, секретарь - Гольберг Галина Константиновна). Просуществовала до 1999 года.

Вторая профсоюзная организация была создана в 1999 году и просуществовала до 2003 года (председатель - Лазарева Катерина Петровна, секретарь- Избышева Елена Робертовна).

В третий раз профсоюзная организация была организована 31 января 2003 года на общем собрании сотрудников. Председателем избрана врач отделения ультразвуковой диагностики Исакова Ольга Ивановна. Сразу после образования, профсоюзный комитет стал инициатором разработки и подписания Коллективного договора. Основной документ, в котором закреплены права и обязанности всех сотрудников центра, был принят в 2003 году. Он включает в себя 21 Приложение, в течение каждого года специальная комиссия (12 человек: 6 представителей Администрации, 6 Профкома) проверяет выполнение
условий КД, получает и анализирует предложения в КД от сотрудников, ежегодно в КД вносятся поправки в связи с изменениями в Законодательстве. Раз в три года пишется новый КД, который утверждается на общем собрании сотрудников. Необходимость повышения моральной ответственности сотрудников учреждения за объем и качество выполняемой работы, привела к тому, что одним из Приложений Коллективного договора стал Кодекс профессиональной этики сотрудника КГБУЗ «Диагностический центр Алтайского края».

Всего в центре существует более 20 комиссий по всем вопросам деятельности учреждения, в состав каждой из них в обязательном порядке входит член профкома. Все серьезные решения, которые касаются деятельности коллектива, принимаются администрацией только по согласованию с профкомом. Сегодня в профсоюзную организацию Диагностического центра входят 287 сотрудников учреждения.

Профком является организатором всех культурно массовых мероприятий, которые сегодня являются неизменным атрибутом корпоративной политики центра.
Члены профкома диагностического центра принимают самое активное участие в деятельности краевого профсоюза медицинских работников.